inace se to javlja usled pozadinskih procesa, backupova, raznih skeniranja... ne bi trebalo da se javlja zbog samog apacha
obrati paznju na tri vremena koje sadrzi svaka datoteka (created, modified, accessed) Tvoj softver bi trebalo da se veze za modified time, a ne za accessed
p.s. Ubuntu 9 ti nije bas long stable resenje... za server je preporucljiva 8-ica