Ne mozes se osloniti na operativni sistem.
Digitalni potpis osim toga ne menja strukturu .exe fajla vec dodaje kriptovani checksum
kako bi se verifikovalo da kod sam po sebi nije menjan (i nosi u sebi informaciju o autoru i slicno, znaci
dokaz autenticnosti). Znaci to otpada za ovo sto tebi treba.
Ako sam dobro shvatio, tebi treba sledece:
Program koji se startuje sa tzv loader-om na pocetku i dekriptuje ostatak programa u ram a zatim ga
startuje kao proces.
Neki program koji ce da ti pravi razlicite verzije loader-a. Za ovo pogledaj na netu imas dosta primera
self modifying koda koji koriste virusi, oni promene redosled operacija (asm koda) ali da zadrzi istu funkcionalnost
kada se kopiraju.
Ovo ti ne daje 100% razlicitost paterna, uvek postoji minimalna duzina paterna koja ce se ponavljati, ali
u dovoljnom broju slucajeva ako je patern dovoljno mali, nacices ga i u ostalim .exe programima.
Isto tako postoji konacan broj kombinacija, znaci neces moci napraviti neogranicen broj kopija bez ponavljanja.
Ono na sta si ti mislio postoji u PHP-u (zato sto je skript jezik i ako nije kriptovan sav kod je dostupan), pogledaj Zend Optimizer na netu.
Za sam operativni sistem ako zelis podrsku, morao bi napisati neki loader koji se instalira poput drajvera. Najjednostavniji primer toga bi bio
program koji iz komandne linije dobija naziv fajla, dekodira ga, ucitava u ram i pokrece (kreira proces).
Instalacija takvog programa u sistem bi u sustini bila asocijacija sa novom ekstenzijom (kao sto radi java recimo), tako da se tim loader-om
otvaraju programi sa recimo .sexe ekstenzijom (secure exe).
EDIT:
Pogledaj sledeci link:
http://www.masm32.com/board/index.php?topic=3150.0
Daju kod za ucitavanje .exe i .dll koda u memoriju i zatim kreiranje procesa od toga (pokretanje).