Pazi, sto se tice "brckanja" po fajlovima, to ne moze neko tek tako da ti brcka, tako da no worries oko toga.
Sto se tice listanja direktorijuma, najjednostavnije resenje ti je da napravis prazan index.html fajl u folderu. Tako da ako neko pokusa da pristupi folderu direktno, dobice praznu stranu (index.html)
Ako hoces sa permisijama, mozes sta znam, recimo 753 na folder da bacis.
Ili mozes i kroz .htaccess da ubacis "Options -indexes"
Pa ti izaberi sta ti je najlakse