Šta konkretno hoćeš da menjaš. Meta podatke (strukturu) tabela ne možeš. Podatke koje one sadrže menjaš normalno.
Link prema tabeli je samo link. To što su objekti u različitim .mdb ne znači da postoje tabele i njihove kopije. Čak i putem pojedinih query-ja možeš da radiš ažuriranje, jer su to samo virtuelni pogledi na te iste tabele. Fizički postoje samo jedne tabele, kada je u pitanju linkovanje.